La solution Vigie Covid-19 permet désormais de traquer la présence du variant Omicron dans les eaux usées avec une détection plus rapide pour suivre la progression de l’épidémie
Aujourd'hui utilisée en complément des données cliniques existantes, la présence du Sars-Cov-2 dans les eaux usées pourrait devenir un nouvel indicateur d'aide à la gestion de la pandémie. A l'initiative des ministères de la Santé et de la Transition écologique français, le laboratoire national de référence (LNR) vient de lancer l’harmonisation et la consolidation des méthodes de surveillance.
Veolia a été un des premiers acteurs à lancer une solution de détection du virus dans les eaux usées. Depuis sa mise sur le marché en septembre 2020, Veolia, l’IPMC (CNRS-Université Côte d’Azur), la start-up IAGE et le Bataillon des marins pompiers de Marseille (BMPM) continuent à collaborer pour l’optimiser.
Aujourd’hui Vigie Covid-19 est la méthode la plus opérationnelle en Europe pour quantifier le SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Grâce aux techniques de criblage PCR et de séquençage, elle identifie la présence de mutations du virus et évalue leurs concentrations.
Après les variants alpha, bêta, gamma et delta du SARS-CoV-2, Vigie Covid-19 permet de détecter et quantifier depuis quelques jours le variant Omicron dans les eaux usées, suite à sa dernière campagne en décembre sur une douzaine de sites municipaux et industriels en Europe. Cette campagne a permis de démontrer des avancées significatives dans la mise en place du dispositif.
Désormais deux semaines suffisent pour lancer une campagne de suivi d’un nouveau variant, quelques heures à une journée pour le criblage PCR d’un échantillon, et moins d’une journée pour son séquençage. Les résultats sont exploitables dès la survenue du nouveau variant sur un territoire
Grâce au succès de cette troisième campagne qui démontre une nouvelle fois l’efficacité de Vigie Covid-19, nous sommes désormais prêts, en accord avec nos partenaires, à la mettre à disposition auprès d’un plus grand nombre d’acteurs. En effet, un déploiement à grande échelle permettrait, en resserrant le maillage territorial, de croiser ces données avec celles des autorités sanitaires locales. Notre méthode peut ainsi constituer un excellent complément aux essais cliniques dans le dispositif de la lutte contre la propagation de l'épidémie en fournissant des informations lisibles et des dynamiques cohérentes avec les taux d’incidence rapportées par les autorités sanitaires en Europe.
