Veolia et ses partenaires, renforcent leur dispositif d’identification et de quantification des variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées

La solution Vigie Covid-19 permet désormais de traquer des signaux de présence du variant Omicron dans les eaux usées pour offrir un temps d’avance dans le suivi de la progression de l’épidémie.

Veolia, l’IPMC (CNRS-Université Côte d’Azur), la start-up IAGE et le Bataillon des Marins Pompiers de Marseille (BMPM), continuent leur collaboration sur l’optimisation de Vigie Covid-19, leur solution pionnière permettant de détecter et quantifier dans des temps records la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Lancée en septembre 2020, cette méthode a déjà permis de détecter et quantifier les variants alpha, bêta, gamma, puis le variant delta cet été, et depuis quelques jours le variant Omicron.

Aujourd'hui utilisée de manière expérimentale en complément des données cliniques existantes, la présence du Sars-Cov-2 dans les eaux usées a le potentiel de devenir un nouvel indicateur d'aide à la gestion de la pandémie. Le laboratoire national de référence (LNR) vient ainsi de lancer un processus d’harmonisation et de consolidation des méthodes de surveillance, nominé par les ministères de la Santé et de la Transition écologique. ¹

La solution Vigie Covid-19 est la plus opérationnelle en Europe pour la quantification du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Grâce aux techniques de criblage PCR, elle permet également d’identifier la présence de mutations connues issues de variants existants du virus et d’évaluer leurs concentrations. Puis, les procédés de séquençage fournissent une identification des mutations ainsi que les proportions des différents variants. 
La campagne sur le variant Omicron, réalisée par Veolia et ses partenaires au mois de décembre sur une douzaine de sites municipaux et industriels répartis en Europe, a permis de poursuivre la mise au point de la solution Vigie Covid-19 et de constater les avancées significatives suivantes :

• Il suffit de deux semaines pour lancer une campagne de suivi d’un nouveau variant ;
• Le criblage PCR d’un échantillon ne nécessite désormais que quelques heures à une journée ;
• Le séquençage d’un échantillon prend moins d’une journée sans mise au point préalable ;
• Les résultats sont exploitables dès la survenue du nouveau variant sur un territoire.

Philippe Sébérac, Directeur Expertise Technologique et Scientifique de Veolia : “Grâce au succès de cette troisième campagne qui démontre une nouvelle fois l’efficacité de Vigie Covid-19, nous sommes désormais prêts, en accord avec nos partenaires, à la mettre à disposition auprès d’un plus grand nombre d’acteurs. En effet, un déploiement à grande échelle permettrait, en resserrant le maillage territorial, de croiser ces données avec celles des autorités sanitaires locales. Notre méthode peut ainsi constituer un excellent complément aux essais cliniques dans le dispositif de la lutte contre la propagation de l'épidémie en fournissant des informations lisibles et des dynamiques cohérentes avec les taux d’incidence rapportées par les autorités sanitaires en Europe". 

^{1 https://solidarites-sante.gouv.fr/actualites/presse/communiques-de-presse/article/le-ministere-des-solidarites-et-de-la-sante-et-le-ministere-de-la-transition}