Un peu plus d’un an après le début de la pandémie, des variants du SARS-CoV-2 émergent dans le monde. Britannique, sud-africaine et plus récemment brésilienne, ces mutations du virus, potentiellement plus contagieuses, inquiètent les autorités et les populations. Le Comité d’urgence de l’OMS a ainsi appelé, le 15 janvier dernier, à intensifier le séquençage génomique et le partage de données ainsi qu’à renforcer la collaboration scientifique sur les inconnues critiques qui subsistent concernant le virus. Veolia se mobilise activement pour accélérer la recherche et les connaissances sur le sujet.
Depuis quelques mois, Veolia accompagne les collectivités locales, afin d’anticiper le rebond de l’épidémie à l’échelle territoriale, via son offre VIGIE COVID-19 et la détection, par méthode RT-qPCR, du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Des villes comme La Valette, près de Toulon, font ainsi confiance à Veolia pour analyser leurs eaux usées en vue de proposer des campagnes de dépistage massives en fonction des résultats et anticiper de plusieurs jours les pics d'hospitalisation.
En complément de cette offre et face aux mutations du virus, le laboratoire de Recherche & Innovation du Groupe mène une démarche expérimentale visant à séquencer le génome du SARS-CoV-2 dans les eaux usées pour identifier ses variants. Une démarche novatrice en France.
#Covid_19 | Les #EauxUsées participent à une meilleure observation de l'état de santé de la population.
— Veolia (@Veolia) December 2, 2020
L'offre Vigie-Covid-19 prend en compte les personnes non testées et sans symptômes. (@Loopsidernews) pic.twitter.com/HgrWP5UJfm
Un partenariat d’excellence avec l’IPMC
Veolia a conclu un partenariat avec l’IPMC (Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire), - unité mixte de recherche entre le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) et l’UCA (Université Côte d'Azur), pour traquer les variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Sa plateforme de génomique fonctionnelle de Nice Sophia-Antipolis, intégrée au réseau France Génomique, dispose des technologies de séquençage à haut débit les plus performantes du territoire.
L’équipe, dirigée par le Docteur Pascal Barbry, est reconnue pour son excellence scientifique dans le domaine du séquençage des ARN, de l'analyse bio-informatique et biostatistique et a acquis une solide expérience dans l’analyse du SARS-CoV-2 depuis le premier confinement. Elle travaille sur une application dans le domaine des eaux usées depuis plusieurs mois. L’intérêt pour nous est de pouvoir déployer cette approche à l’échelle nationale et de proposer à nos clients collectivités un outil d’aide à la décision supplémentaire dans l’arsenal sanitaire dont elles disposent déjà, explique Philippe Sébérac, directeur scientifique et technologique de Veolia.
Cette technique permet ainsi d’identifier tous les variants, à partir du moment où leurs génomes ont été intégrés aux bases de données.
Nous avons testé cette technologie de séquençage par nanopores sur des eaux usées depuis le mois de septembre avec les équipes de la ville de Nice. C’est une technologie qui a fait ses preuves, qui est économique et très rapide puisque nous pouvons obtenir des résultats fiables en moins de trois jours. La technique de séquençage permet de décrypter le génome du virus et d'identifier les quelques mutations qui modifient sa séquence : certaines d’entre elles peuvent modifier les propriétés des souches qui vont alors se multiplier plus rapidement ou réussir à infecter plus efficacement leur hôte. Nos analyses nous permettent de construire la carte d’identité du virus et d'identifier la présence de mutations dangereuses. C’est un outil d’alerte puissant et très réactif s’il est fait à bonne échelle et à fréquence régulière, explique Pascal Barbry, directeur de recherche au CNRS, Membre du comité exécutif de l'infrastructure France Genomique.
Des premiers résultats rassurants
Les premiers résultats obtenus par l’IPMC sur 10 stations d’épuration exploitées par Veolia et dont les prélèvements et analyses ont été réalisés au cours de la première quinzaine de janvier, ont révélé la présence des principaux variants européens du SARS-CoV-2 dans les eaux usées sans détecter les variants britanniques, sud-africains et brésiliens, à la limite des 1 % de détection fournie par l’approche. Ces résultats, obtenus sur les 10 sites, se veulent rassurants et en conformité avec ceux présentés par Santé Publique France, dans son point épidémiologique hebdomadaire du 14 janvier 2021, qui estime notamment que l’incidence du variant britannique, serait responsable de 1 à 2 % des cas de COVID-19 actuellement diagnostiqués à l’échelle nationale.
Un nouvel outil précieux
Identifier la présence de tous les variants du virus SARS-CoV-2 au sein des stations d’épuration des eaux usées, permettrait d’établir facilement à l’échelle de tout l’hexagone une cartographie précise et à moindre coût, de la circulation des différentes mutations du SARS-CoV-2 et représenter un nouvel indicateur indispensable à la lutte contre la propagation de l’épidémie et la présence de mutations à risque. Appliqué à différentes échelles, allant du quartier jusqu’à une métropole ou une région, celui-ci pourrait ainsi permettre aux collectivités de compléter les outils sanitaires de diagnostic individuel, de façon par exemple à orienter les stratégies locales de dépistage vers les zones où certains variants sont identifiés ou d'accélérer le déploiement de la vaccination dans les zones les plus touchées.
Veolia veut poursuivre les travaux de recherche sur la génomique des virus dans les eaux usées, pour établir la cohérence entre ce qui se retrouve dans les STEPs et la circulation du virus dans les populations, pour pouvoir, une nouvelle fois, mieux accompagner les collectivités dans l’anticipation de stratégies sanitaires efficientes.
